Il primo documento che attesta la presenza di questa chiesa risale al Medioevo.
Nel 1289 vi erano già a Senago: la chiesa di S. Pancrazio, di S. Maria (scomparsa), di S. Maria degli Umiliati a Senaghino e quella di S. Bernardo che in quei tempi si chiamava di S. Martino, santo molto caro alle popolazioni longobarde.
Nel lontano passato le chiese dei piccoli paesi contenevano soltanto l’altare con il tabernacolo ed assomigliavano così a delle semplici casette in mattoni e sassi. Non vi era nemmeno un prete stabile, che arrivava periodicamente da Milano.
Cambiate le abitudini religiose nel corso dei secoli l’edificio è stato ampliato, ma è solo nel 1700 che la chiesa di S. Martino verrà intitolata anche a S. Bernardo.
All’interno della chiesa è presente una tela dell’epoca raffigurante il Crocefisso ai cui piedi si trovano a sinistra S. Bernardo e a destra S. Martino.
Nel 1818 il nobile Gaetano Martinelli, proprietario dell’odierna Villa Sioli, e legatissimo a questa antica chiesetta donò un nuovo altare dedicato alla Madonna delle Grazie.
Sopra lo stesso, ancora oggi presente, si trova un affresco raffigurante la Madonna del Carmine che si festeggia il 16 luglio.
Grazie ai restauri effettuati nel 1919 si sono conservati, fino a non molti anni fa, un singolare soffitto a cassettoni, tipico delle antiche ville, e decorazioni interne a motivo geometrico.
Attualmente la Chiesa di S. Bernardo è interessata da un intervento conservativo della torre campanaria.
